W 1845 roku uruchomiono linię kolejową Opole - Gliwice, prowadzącą przez Kędzierzyn. Omijała ona Koźle, które było twierdzą wojskową, dlatego stacja na początku nazywała się Koźle-Kędzierzyn. Pierwszy dworzec (widoczny na starych kartach pocztowych, funkcjonował do I wojny światowej. W 1915 roku oddano do użytku nowy dworzec, który funkcjonuje do dziś.